1. Perintis PGAN 6 Tahun Boyolali dimulai dengan berdirinya PGA Muhammadiyah yang kemudian dinegerikan
2. Mengingat animo masyarakat Boyolali sangat besar PGAN 6 Tahun Boyolali tidak mampu menampung siswa yang berasal dari seluruh wilayah Kab. Boyolali dan juga dari daerah-daerah lain maka didirikan lagi PGA 6 Tahun Muhammadiyah Boyolali yang juga bertempat di Pusung, Banaran, Boyolali dengan Kepala Sekolahnya Bp. H. Fachrudin, B.A yang periode selanjutnya sampai berubah menjadi SMA Muhammadiyah dengan Kepala Sekolah Bp. H. Muhajir, B.A
3. Sampai dengan Tahun 2008 Kepala Sekolah MAN / PGAN Boyolali telah mengalami 8 kali berganti Kepala Sekolahnya yaitu :
1). Bp. H. Pardijo, B.A s/d Tahun 1982
2). Bp. Drs. Wahyudi s/d Tahun 1991
3). Bp. Suharto, B.A s/d Tahun 1999
4). Bp. Drs. Hadis s/d Tahun 1999
5). Bp. Drs. H. Sjatibi s/d Tahun 2003
6). Bp. Drs. H. Qowa’id s/d Tahun 2006
7). Bp. H. Chusni, M.Pd s/d Tahun 2007
8). Bp. Drs. H. Cholid Trenggono, M.Pd mulai April 2007 sampai sekarang.